검찰에 따르면 조명균 전 청와대 안보정책비서관은 남북 정상회담이 끝나고 닷새가 지난 2007년 10월9일 청와대 이지원 내 결재ㆍ보고양식인 '문서관리카드' 작성을 시작해 제목은 '남북 정상회담 회의록 보고'로, 보고 경로는 백종천 전 통일외교안보정책실장과 노무현 전 대통령 순으로 설정했다.
'처리의견'란에는 '본 자료는 1급비밀로 지정해 특별관리하도록 하겠습니다'라고 적어 회의록 파일을 첨부해 결재를 올렸다.
백 전 실장은 당일 문서관리카드를 열람한 뒤 그대로 중간결재를 했다.
이후 노 전 대통령은 10월19일 결재 내용을 확인한 뒤 사흘 뒤인 21일 문서관리카드의 '처리 의견'란에 "수고 많았습니다. 다만 내용을 한번 더 다듬어놓자는 뜻으로 재검토로 합니다"라고 기재한 후 결재를 완료했다.
조 전 비서관은 다음날인 22일 대통령 지시에 따라 회의록을 수정하기 위해 전산망을 통해 전자결재된 회의록 파일을 국정원에 전송해주면서 수정ㆍ보완ㆍ변경을 의뢰했고 국가정보원은 의뢰에 따라 초본을 수정했다.
조 전 비서관은 국정원이 수정해서 올린 회의록을 재차 수정해 1급비밀 형태의 회의록 문건을 작성, 그해 12월 말부터 2008년 1월 초순까지 백 전 실장을 거쳐 노 전 대통령에게 보고했다.
보고를 받은 노 전 대통령은 국정원에서 회의록을 1급비밀로 보관하도록 하라고 지시하면서 '이지원에 있는 회의록 파일은 없애도록 하라. 회의록을 청와대에 남겨두지 말라'는 취지의 지시를 내렸다.
당시 조 전 비서관은 기록관리비서관실로부터 결재 완료된 문서들은 '종료처리'해 대통령기록관으로 이관될 수 있도록 조치해달라는 요청을 받았지만 노 전 대통령의 지시에 따라 보안상의 이유를 들어 별도로 보관 중이던 회의록 수정본 문건을 문서파쇄기로 파쇄했다.
회의록 초본의 문서관리카드도 이지원 시스템의 관리부서인 업무혁신비서관실에 삭제를 요청했다.
검찰은 보안 문제 때문에 노 전 대통령이 삭제를 지시했다고 보고 있다.
검찰 관계자는 "단정적으로 말하기 어렵지만 관련 진술 등을 감안할 때 보안 때문에 삭제 지시를 하지 않았나 생각한다"고 밝혔다.
그러나 호칭ㆍ말투 정도가 수정된 것으로 확인됐고 명확한 삭제 동기를 밝히지 못함에 따라 수정본을 완성본으로 생각해 초본 삭제 지시를 한 것으로 보인다는 참여정부 측 인사의 주장은 앞으로 재판과정에서도 이어질 것으로 전망된다.
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