법사위 소속 야당의원들은 이 사무총장이 황교안 국무총리와 사법연수원 동기이자 최경환 경제부총리와 고교 동기라는 사실, 청와대가 임명했다는 언론 보도 등을 근거로 “정권실세들과 가까운 인사가 감사원의 감사를 총괄하면서 사정정국을 조장하게 될 것”이라며 “감사원의 정치적 독립성이 침해될 우려가 있다”고 목소리를 높이면서 임명 배경을 집중적으로 추궁했다. 이에 황찬현 감사원장은 “제청 전에는 이 총장과 별다른 친분이 없었고 적임자라고 판단해 제가 후보자로 제청했다”고 설명했다. 청와대의 지시에 따른 인사가 아니냐는 야당의원들의 지적에 대해서는 “제청 단계에서 협의는 했지만 청와대의 지시는 아니다”라고 반박했다. 이 과정에서 사무총장 후보자를 선임하는 감사위원회의 회의가 실제로 열리지 않고 서면으로 대체된 사실이 드러나기도 했다.
전 사무총장인 김영호 감사위원은 내년 총선 출마 가능성과 함께 감사위원이 정당에 가입하거나 정치운동에 관여할 수 없도록 한 감사원법 위반 논란이 불거졌다. 임내현 새정치민주연합 의원은 김 감사위원이 고향인 경상남도 진주로 이사를 하고 봉사활동, 시장 방문 등 각종 활동을 한 자료들이 게재된 김 감사위원의 페이스북 계정을 공개하면서 내년 총선 출마 여부를 질의했다. 이에 김 감사위원은 “출마 여부를 고민 중”이라고 답했다. 이어 “(지역에서) 출마 요구가 있다”며 지역 활동에 대해서는 “감사원법 위반으로 생각하지 않는다”고 해명했다.
우윤근 새정치민주연합 의원은 김 감사위원의 활동에 대해 “감사원의 심각한 정치적 중립성 훼손”이라며 “정치를 할 것이면 사표를 먼저 내라”고 지적했다. 같은 당 박지원 의원도 “정치활동을 하는 게 사실이면 감사원장이 사표를 받든지 아니면 정치활동을 못하게 해야 하는 것 아니냐”고 가세했다. 이에 대해 황 원장은 “정치적인 행위에 해당하는지 살펴보고 있다”면서 “관련 사실을 종합해서 판단하겠다”고 답했다.
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