기업의 결손금 환급분을 소급반환하도록 한 법인세법은 헌법에 어긋난다는 헌법재판소의 결정이 나왔다.
헌법재판소는 24일 A사가 제기한 헌법소원심판사건에서 “결손금을 환급 받는 대상이 아닐 경우 이미 받은 환급분까지 반환토록 한 법인세법 부칙 9조는 위헌”이라며 재판관 전원 일치 의견으로 위헌 결정했다.
지난 2008년 12월 법인세법이 개정됐고, 이에 따라 결손금 발생으로 이미 환금받은 법인세를 결손금 소급공제 대상이 아니라는 이유로 다시 반환토록 새로 규정하면서 법 시행 이전 환급금도 반환토록 규정하는 부칙 9조가 신설됐다.
이번 결정으로 환급세액 소급적용을 규정한 법인세법 부칙 9조는 효력을 잃게 됐다.
이에 따라 A사는 소송을 통해 반환한 세액을 되돌려 받을 수 있게 됐다. 이미 세액을 반환한 뒤 A사와 같은 취지로 소송을 냈으나 패소가 확정된 기업들은 재심을 청구해 반환세액을 다시 환급받을 수 있게 될 전망이다.
재판소는 “해당 조항은 개정 후 법인세법의 시행 이전에 결손금 소급공제 대상 중소기업이 아닌 법인이 결손금 소급공제로 법인세를 환급받은 경우에도 개정조항을 적용할 수 있도록 규정하고 있다”며 “이는 이미 종결한 과세요건 사실에 소급해 적용하게 하는 것으로 위헌”이라고 밝혔다.
이어 “법인세를 부당 환급받은 법인은 소급입법을 통해 이자상당액을 포함한 조세채무를 부담할 것이라고 예상할 수 없었고, 환급세액과 이자상당액을 법인세로서 납부하지 않을 것이라고 가진 신뢰는 보호할 필요가 있다”고 덧붙였다.
A사는 2003년부터 3년간 수원 팔달구에 오피스텔 건물을 신축해 분양했는데 2007 사업연도에 32억원이 넘는 결손이 발생했고, A사는 결손금 소급공제에 의한 환급으로 2006 사업연도에 납부한 법인세 환급을 신청해 4억300여만원을 환급받았다.
그러나 수원세무서장은 2008년 개정된 법인세법을 근거로 4억700만원을 법인세로 징수처분했다. 이에 A사는이에 불복해 법인세 부과처분에 대한 취소청구소송과 헌법소원심판을 청구했다.
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