남 원장은 이날 서울 내곡동 국정원 청사에서 대국민 사과문을 발표하며 "다시는 이런 일이 없도록 강력한 구조조정, 엄격한 자기통제 시스템 구축 등을 통해 낡은 수사관행을 혁신해나가겠다"고 밝혔다.
하지만 이날 사과성명은 사태의 중대성에 비춰 턱없이 짧은 불과 3분 만에 준비된 원고를 낭독하는 자리로 끝나 논란이 일었다. 또 이번 사태를 '일부 직원'이 저지른 일로 돌리고 관련한 책임은 언급도 하지 않는 등 사과에 진정성이 의심된다는 비판이 일고 있다. 수사시스템을 개혁하는 태스크포스(TF)를 꾸리겠다고 밝혔지만 증거조작 의혹이 불거진 지 이미 한참 지난 데다 아직 구체적인 실행 방안조차 마련하지 못한 것으로 전해져 '늑장대응'이 아니냐는 지적이 나온다.
야당과 시민단체도 일제히 비난의 목소리를 높였다. 박광온 새정치민주연합 대변인은 이날 발표한 논평에서 "부하 직원에게 책임을 미루고 자리를 지키겠다는 자세만 봐도 남 원장은 자격상실"이라고 날을 세웠고 정의당은 사과성명을 '국민능멸 사과'로 규정했다. 유한범 한국투명성기구 사무총장도 "국정원이 국가기관으로서 넘지 말아야 할 선을 넘었기에 단순 사과만으로 끝날 일은 아니다"라며 사퇴를 촉구했다.
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