새누리당 의원들은 국정원 개혁 특위 운영 과정에서 국가정보기관인 국정원의 예산·조직 등이 공개될 것을 우려, 회의를 전면 비공개로 진행할 것을 주장했다. 반면 야당은 공청회 및 법안 심사 과정을 공개해 국정원 개혁 특위 활동이 투명하게 이뤄져야 한다는 점을 강조했다.
국정원 개혁 특위 야당 간사인 문병호 민주당 의원은 "이번 특위 활동은 국정원 제도개혁이 목표인 만큼 의원 보좌진의 입회를 허용해 의정 활동을 뒷받침할 수 있도록 해야 한다"며 "자료 제출 요구와 관련해서도 개방적인 관점에서 충분히 (권리가) 보장돼야 할 것"이라고 주장했다.
이에 대해 여당 간사인 김재원 새누리당 의원은 "여야 합의에 회의를 비공개로 한다는 원칙이 있는데 어떻게 공개해서 진행한다는 것인지 이해할 수 없다"며 "합의문과 관계없는 주장을 제기하면 어떻게 이 회의가 진행되겠느냐"고 반박했다.
여야는 특위 의제를 두고도 이견을 드러냈다.
전해철 민주당 의원은 "특위 활동의 본질적인 것은 (국정원의) 대공 수사권을 이관하는 것에 있다"며 "이를 분명히 의제로 담아주기 바란다"고 주장했다.
그러나 이철우 새누리당 의원은 "남북이 대치 관계에 있는데 국정원이 이렇게 흔들리면 어렵게 된다"며 제동을 걸었다. 같은 당 소속 유기준 의원 역시 "맏며느리가 살림하는데 김치 좀 잘못했다고 내쫓을 수는 없는 것"이라며 "문제가 된 정치 관여 부분이 잘못됐다면 그 부분을 바꾸는 방향으로 머리를 맞대는 것이 중요하다"고 선을 그었다.
여야 간 논쟁이 가열되자 특위 위원장인 정세균 의원은 "정치 투입법이나 제도개선 등 국민이 알아야 할 사항은 공개하고 비밀 조항과 관련해서는 비공개 원칙이 지켜져야 한다"며 절충을 통한 양측의 합의를 요구하는 등 중재에 나서기도 했다.
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