하지만 사업시행 계획을 취소해달라는 원고의 청구는 기각했다. 사업 자체를 취소하면 혼란과 문제가 생길 것이라고 판단했다.
부산고법 행정1부(김신 수석부장판사)는 낙동강 사업이 '총 사업비 500억원 이상의 예산이 투입되는 국책사업의 경우 경제성에 대한 예비타당성 조사를 거쳐야 한다'는 국가재정법을 위반해 위법하다는 판결을 내렸다고 10일 밝혔다. 4대강 살리기 사업 취소 청구 소송에서 위법판결이 나온 것은 1~2심을 합해 이번이 처음이다. 재판부는 "국가재정법 제38조와 시행령 제13조는 '500억원 이상이 투입되는 대규모 국책사업의 경우 경제성에 대한 예비타당성 조사를 거쳐야 한다'고 규정돼 있는데 낙동강 사업 중 보 설치, 준설 등에 대한 예비타당성 조사를 누락해 행정처분이 위법하다"며 "보 설치가 재해예방 사업이라고 볼 수 없고 준설 등이 예비타당성 조사를 면제시킬 정도로 시급성이 인정되는 사업이라고 할 수 없다"고 밝혔다.
재판부는 그러나 "보의 설치가 거의 100% 완성됐고 준설 역시 대부분 구간에서 완료돼 이를 원상회복한다는 조치는 국가재정의 효율성은 물론 기술·환경침해적 측면에서도 심각한 문제를 야기할 것으로 예상된다"고 판단하며 "이 사업을 위해 광범위한 토지가 수용, 많은 이해 관계인과 새로운 법률관계가 형성돼 이를 취소하면 엄청난 혼란이 우려되는 등 공공복리에 반하는 사태를 방지하기 위해 '사정판결'을 한다"고 밝혔다.
국민소송단은 판결에 대해 "국책사업의 경우 위법성이 인정되는 경우가 거의 없는데 역사적으로 뜻 깊은 판결이고 이번 판결은 낙동강 사업은 물론 4대강 사업 전체에 대한 위법성을 인정한 것"이라며 대법원에 상고하겠다고 밝혔다.
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