또한 이날 청문회에서는 이명박 정부 교육정책 전반에 대한 문제제기도 있었고 과학기술 분야에 상대적으로 소홀할 수 있다는 지적도 나왔다.
야당 의원들은 이 후보자의 논문 자기표절 의혹을 들어 교육 수장으로서 연구윤리에 문제를 제기했다. 이에 대해 이 후보자는 "중복게재는 학술지 간에 벌어지는 게 문제"라고 해명했다. 17대 국회의원 당시 이해관계단체로부터 후원금을 받은 의혹도 드러났다. 안민석 민주당 의원은 "17대 국회에서 학교보건법을 제정하면서 지난 2004년부터 2007년까지 보건교사로부터 조직적 모금이 이뤄졌다"고 주장했다.
교육 전반에 대한 질문에 이 후보자는 "검토해보겠다"는 식으로 원론적 대답만을 되풀이했다. 권영길 민주노동당 의원이 "자율형사립고 내에서도 사교육을 받는 학생은 늘었고 입학사정관제는 외국어고에 특혜를 주는 데 이용됐다"고 지적하자 이 후보자는 "면밀히 검토하겠다"고 밝혔다. 조전혁 한나라당 의원이 학교 정보 알리미 사이트의 미비함을 언급하자 "담당 과가 고민하고 있다"고 답하기도 했다.
한편 일부 교과위 의원들은 교육 분야 전문가인 이 후보자가 교과부 장관이 되면서 과학기술 분야가 상대적으로 홀대 받을 수 있음을 우려했다. 서상기 한나라당 의원이 "교육과 과학을 합치면서 나타난 과학기술계의 소외감을 어떻게 해소할지 확실한 복안을 알려달라"고 지적하자 이 후보자는 "과학입국에 역점을 두겠다"고 원론적으로 말했다.
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