자연과학계열은 수평 비교가 힘든 예체능계열을 제외하고 인문사회ㆍ공학ㆍ의학계열과 비교할 때 학교별 등록금 차가 가장 컸다. 자연과학분야 등록금이 가장 비싼 학교는 올해 5.8%를 인상한 이화여대로 1년치 등록금이 803만원인 반면 단국대는 645만원으로 두 학교는 158만원의 차이를 보였다. 이대 다음으로는 숙명여대, 서울여대, 고려대, 서경대 등의 순으로 높았고 세종대, 경희대, 덕성여대, 건국대 등이 단국대의 뒤를 이어 등록금이 쌌다. 인문사회계열에서 연간 등록금이 가장 많은 곳도 이화여대(652만원)로 세종대(543만원)보다 100만원 이상 비쌌다. 인문사회계열 등록금이 이대 다음으로 비싼 곳은 숙명여대, 고려대, 서울여대,삼육대였고, 단국대, 덕성여대, 경희대, 건국대 등은 세종대와 함께 비교적 싼 것으로 분석됐다. ◇ 의학ㆍ공학
의대가 있는 11개 대학 중 의학계열 등록금(2005년 기준)이 가장 비싼 곳은 이화여대(929만원)로 경희대(787만원)보다 142만원 많은 것으로 집계됐다. 대부분 800만원을 넘는 의대 등록금의 경우 이화여대에 이어 성균관대, 고려대,연세대, 건국대, 가톨릭대, 동국대, 한양대, 중앙대, 단국대 순으로 비쌌다. 공학계열도 100만원 이상 차이가 나 이화여대가 848만원으로 가장 높았고 단국대는 736만원으로 가장 낮았다. 이화여대에 이어 고려대가 847만원으로 800만원을 넘었고 서강대, 연세대, 성균관대가 그 뒤를 따랐으며, 낮은 곳은 단국대에 이어 한국외대, 세종대, 숭실대, 중앙대 등이었다. ◇ 주요 사립대도 100만원 이상 격차
고려대ㆍ서강대ㆍ성균관대ㆍ연세대ㆍ이화여대ㆍ중앙대ㆍ한양대(가나다순) 등 7개 주요 사립대 간 등록금 격차도 계열에 따라 최대 100만원이 넘었다. 자연과학과 인문사회계열 등록금은 이화여대, 고려대, 서강대, 연세대, 성균관대, 한양대, 중앙대 순으로 비쌌으며 이대와 중앙대 간 격차는 자연과학 127만원,인문사회계열 59만원으로 파악됐다. 공학계열은 이화여대(848만원)에 이어 고려대, 서강대, 한양대, 성균관대, 중앙대 순이었고 중앙대(756만원)는 이화여대보다 92만원 쌌다. 의학계열(2005년 기준)은 의대가 없는 서강대를 제외하고 이화여대(929만원),성균관대(910만원), 고려대(897만원), 연세대(889만원), 한양대ㆍ중앙대(834만원)으로 나타났다. 대학별 등록금은 이처럼 큰 차이를 보이고 있음에도 교육의 질은 등록금 액수에 비례하지는 않는다는 지적이 일고 있다. 한 대학 관계자는 "등록금 차이는 대학의 재정 형편과 교육여건, 인상률 협의결과 등에 따라 학교별로 다를 수밖에 없다. 따라서 등록금과 교육의 질이 반드시 비례하는 것은 아니다"라고 말했다.
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