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다국적 기업은 기업전체의 수익을 극대화하기 위해 지역별로 산재 된 기업을 통폐합하거나 기능을 조정하는 사업구조재편을 빈번하게 실시하고 있다. 생산원가 절감과 판로확대를 위한 생산설비 이전, 본 ㆍ지사간 경영권 (위험) 배분, 사업 여건을 반영한 지역별 사업 기능의 재배분 등이 다국적기업의 전형적인 사업구조재편 방법이다. 이러한 사업구조재편에는 국가 간 사업장의 귀속 소득 또는 비용의 재계산이 불가피하게 수반된다. 각 국가에서는 다국적기업의 사업구조개편과 관련한 소득 또는 비용의 변동내용을 이전가격 과세측면에서 다루고 있다. 다국적기업의 사업구조재편과 관련한 세금 문제는 크게 두 가지이다. 사업장의 철수부담금(exit charge)이 적정한 수준으로 지급되었는지, 검증하는 것과 사업구조재편을 공격적 조세회피(ATP) 수단으로 악용하지 못하게 하는 것이다. 먼저, 사업장 철수 부담금 문제는 기업구조재편을 통하여 현지기업이 특수관계에 있는 외국의 다른 기업에게 생산설비, 재고자산, 특허권, 상표권, 노하우 등 경제적 가치가 있는 유 ㆍ무형자산을 양도하고 철수하면서 지급 받는 대가가 정상적인 가격에 해당하는 것인지에 관한 것이다. 대가가 지급되지 않거나(무상 이전), 그 수준이 낮은 경우(저가 이전)에는 정상적인 시장가격(FMV)과의 차액에 대하여 과세한다. 이와 관련하여 특히 유의해야 할 사항은 철수부담금의 지급대상이 되는 유ㆍ무형 자산의 범위이다. 국가별로 약간의 차이가 있으나 과세당국들은 대체로 그 범위를 넓게 보고 있다. 현재 많은 과세당국이 제조설비, 특허권 등 법상 보호되는 자산 뿐만 아니라 고객명단, 영업 노하우와 같이 법적 권리는 아니더라도 경제적 가치를 인정할 수 있는 항목을 모두 포함하고 있다. 심지어 독일 등 일부 과세당국은 구조조정으로 인한 현지기업의 이익 감소나 잠재적 이익 발생기회의 포기도 미래에 수익을 창출할 수 있는 자산을 이전하는 것으로 보고 사업장 철수부담금 계산 시 그 반영 여부를 따지고 있다. 두 번째로 제기되는 세금문제는 다국적기업의 사업구조재편이 공격적 조세회피 수단으로 악용되지 못하게 하는 것이다. 무형자산은 다른 자산보다 이동이 쉽고 높은 경제적 가치를 지니고 있으므로 이를 이용하면 소득을 해외로 손쉽게 이전시킬 수 있다는 점에서 자칫 탈세수단으로 악용될 소지가 있다. 예를 들어 기업구조조정을 이유로 상표권, 상품 로고, 특허권 등 각종 무형자산의 소유권을 본사로 이전하면서 사용계약을 맺어 무형자산을 종전과 마찬가지로 현지기업이 사용ㆍ수익할 수 있게 하면 사용료(Royalty) 지급방식을 통해서 본사로 소득을 이전시킬 수 있다. 이런 일은 계약서 몇 장만으로도 가능하다. 경제개발협력기구(OECD) 재정위원회(CFA)에서도 2005년부터 다국적기업의 사업구조재편과 관련한 세금문제를 활발히 논의하고 있다. 현재까지의 논의과정을 보면, 사업장의 철수부담금 지급대상이 되는 경제적 가치를 폭 넓게 해석하고 다국적기업의 사업구조 재편이 조세회피 수단으로 악용되지 못하도록 과세권을 강화하는 쪽으로 의견이 모아지고 있다. 다국적기업의 사업구조재편이 경제적으로 타당성을 가진 것으로 인정 받으려면 구조조정으로 인한 규모의 경제, 효율성 제고 등 시너지 효과를 통해 다국적기업 전체적 관점에서 수익성이 개선될 수 있음을 증명할 수 있어야 한다. 인력, 설비, 자본력, 기술, 의사결정권한, 위험부담 등이 실질적으로 이전되었고 이를 인수한 회사가 이를 운용할 역량도 있다는 것이 입증되어야 한다. 그렇지 않으면 현지과세당국으로부터 세금부담의 감소만을 목적으로 하는 무늬뿐인 사업구조재편으로 간주되어 무거운 이전가격 과세를 받게 된다.
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