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한국거래소는 증권사ㆍ선물회사 등 회원사들이 약 88.17%의 지분을 보유하고 있다. 한국거래소가 자사주를 4.62% 갖고 있고 중소기업진흥공단ㆍ한국증권금융ㆍ한국금융투자협회 등 유관기관들이 나머지 지분을 보유하고 있다. 준정부기관으로 정부가 사실상 최대주주 역할을 하고 있지만 정부 지분은 전무하다.
한국거래소는 1998년 민영화 차원에서 회원제로 전환했고 지난 2005년 증권ㆍ선물ㆍ코스닥 등 3개 시장을 합친 주식회사제 통합거래소로 출범했다.
100% 민간 지분 회사다 보니 2008년 공공기관 지정 당시 주주재산권을 침해하는 행위라는 논란이 불거졌으나 거래소가 독점적 사업구조로 쉽게 돈을 버는데다 방만경영이 이뤄지고 있다며 정부는 공공기관 지정을 밀어붙였다.
2009년에는 당기순이익 1,945억원으로 2005년 주식회사 체제 개편 이후 최대실적을 내기도 했으나 이후부터는 거래량 감소로 상장 수수료와 주식거래 수수료 등 각종 수수료 수입이 줄어들면서 수익성이 악화됐다. 2011년 영업수익은 6.38% 증가한 4,212억원을 기록했으나 당기순이익은 2,601억원으로 8.36% 줄었다. 특히 지난해에는 증시침체와 거래대금 급감으로 수익성이 절반 가까이 축소된 것으로 추정되고 잇다.
전체 영업수익 중 거래수수료 수입이 통상 80% 안팎을 차지하는데 2011년에는 거래서비스 수익이 3,421억원으로 전체 영업수익의 81%를 차지했다.
한편 한국거래소는 해외 거래소에 증시 시스템을 수출하는 등 수수료 수입 이외의 수익원을 다각화하기 위해 노력하고 있다. 거래소는 라오스ㆍ캄보디아에 증권거래 시스템을 수출했고 지난해 12월에도 베트남 정부와 218억원 규모의 차세대 증시 시스템 구축 계약을 체결했다.
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