의약분업이 시행된 지 5년이 지났지만 시행과정에서의 허점과 이를 둘러싼 논란은 여전히 남아 있다. 의약분업이 아직도 도입 당시의 의도대로 운영되지 않고 있다는 얘기다. 보건복지부는 최근 의약분업 5년을 맞아 ‘의약분업 범정부 평가 및 발전위원회’를 구성, 보안책을 마련하기로 했다. 하지만 대한의사협회가 이에 불참을 선언, 난항을 겪고 있다. 의협은 국회에 의약분업재평가위원회를 구성할 것을 촉구하고 나섰다. 복지부에 분업 이후 의료비 부담이 크게 늘어난 것으로 나타났다. 지난해 건강보험 가입자들이 낸 보험료 총액은 15조6,140억원으로 의약분업 도입 당시보다 두배 이상 늘어났다. 건보 재정에 대한 국고지원도 비슷한 증가세를 나타냈다. 의협은 이를 약사 조제료와 약품 지출 등이 급증한 탓으로 돌렸다. 의협은 지난 2000년부터 2004년까지 약사 조제료와 약품 지출 등에 총 22조4,711억원이 지출됐다고 주장했다. 김재정 의협 회장은 “올해에만 조제료가 2조원에 이를 것”이라는 전망도 내놓았다. 대한약사회는 이에 대해 의사의 고가약 처방 등이 주요 원인이라고 반박했다. 의사가 자의적 판단에 따라 불필요한 고가약을 처방, 결과적으로 약값 지출을 증가시키고 있다는 주장이다. 약사의 임의조제와 대체조제도 의약분업의 허점으로 지적되고 있다. 복지부는 의약분업 이후 190건의 임의조제행위를 적발했다. 하지만 실제로는 이보다 수배, 수십배 더 많을 것으로 추산되고 있다. 의사가 처방한 약과 똑같은 성분을 가진 다른 약을 조제하는 대체조제의 경우 약사가 그 사실을 의사에게 사후 통보하도록 규정돼 있지만 잘 지켜지지 않고 있다. 약사들은 오히려 ‘통보조항’ 삭제를 요구하고 있는 상황이다. 의약간 담합행위도 최근 복지부가 부쩍 주시하고 있다. 의사가 사실상 특정 약국을 이용하지 않을 수 없도록 하고 ‘뒷돈’을 받는 불법거래가 암암리에 이뤄지고 있다는 것이다.
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