1차 입원:자가조혈모세포 이식을 위해 필요한 조혈모세포를 채취하는 단계. 입원기간은 3주 정도 걸린다. 이 단계에서는 싸이토산 등 강력한 면역억제제를 무균실에서 투여 받은 후 자신의 혈액으로부터 조혈모세포를 채취한다. 면역기능이 억제된 상태에서 환자 혈액으로부터 기계로 이동시켜 병과 관계가 없는 조혈모세포만 뽑고 나머지는 다시 환자에게 주입한다. 이러한 조혈모세포를 채집하고 특별한 이상이 없으면 퇴원을 하고 채취한 조혈모세포는 냉동해서 보관한다. 2차 입원치료: 약1개월 정도 휴식기간을 가진 후 2차로 입원하는데 이는 본격적으로 조혈모세포를 받기 위한 것이다. 첫번째 단계보다 훨씬 강력한 면역억제제를 주사해 비정상적인 면역체제를 모두 파괴시킨 후 냉동보관 중에 있는 조혈모세포를 주입해 새로운 면역세포로 자라나게 한다. 이 단계에서는 아주 강력한 약제를 사용하기 때문에 정상적인 골수회복이 이루어지려면 약 2~3주 걸린다. 때문에 대개 2차 입원은 첫번째 입원보다 조금 더 길어져 약4~5주가 걸릴 수 있다.
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