오는 2012년까지 14조원을 투입하는 4대강 살리기 프로젝트가 정부의 강력한 부인에도 대운하 논란의 도화선으로 이어지고 있다. 당장 대운하를 건설하지는 않는다고 하더라도 앞으로 대운하를 쉽게 건설할 수 있는 사전 작업이 아니냐는 지적과 홍수를 예방하기 위해 하천을 정비하는 사업일 뿐이라는 정부 해명이 팽팽하게 맞서고 있는 상황이다. 우선 국토해양부는 4대강 정비사업이 대운하와는 무관하다는 입장을 계속 강조하고 있다. 하천정비사업은 홍수 예방 및 하천환경 개선을 목적으로 하는 반면 대운하사업은 수운 및 물류수송이 목적이어서 다르다는 주장이다. 사업내용도 하천정비사업은 제방축조와 보강, 하천변 저류지 설치, 하도정비 등 치수사업과 인공습지, 생태서식처 설치, 수질정화식물 식재 등 환경정비사업이 큰 축인 데 반해 대운하사업은 낙동강과 한강을 연결하는 터널 설치와 인공수로 조성 등이 있어야 하며 운하용 보와 갑문을 설치해야 한다고 설명하고 있다. 특히 대운하를 건설하기 위해서는 하천 중심부를 최소 수심 6m 이상으로 굴착해야 하기 때문에 하천변의 토사를 걷어내는 이번 사업과는 차이가 있다는 게 국토부의 말이다. 그러나 야당과 시민단체 등 대운하의 사전 준비라고 주장하는 측에서는 4대강 정비사업은 사실상 대운하 1단계 사업이라고 주장하고 있다. 4대강 정비사업은 크게 하천 준설과 슈퍼 제방을 포함한 제방설비라는 두 가지 사업을 축으로 구성돼 있는데 강들을 연결시키기 전에 필요한 준설사업ㆍ강폭확대ㆍ제방사업이 이 사업에 다 포함돼 있다는 것이다. 또 정부가 앞으로 추진할 하도정비나 제방보강은 대운하가 아니라면 필요 없는 사업이며 자전거도로도 원래 대운하사업 중 하나였다고 따지고 있다.
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