기획재정부는 13일 국세청·조세심판원·법제처 관계자 등 전문가들로 구성된 국세예규심사위원회를 열어 지난 3월17일 이후 최초 용역 계약분부터 부가세를 부과하기로 결정했다고 밝혔다.
앞서 기재부는 3월17일 임상시험 용역의 부가가치세 과세 여부에 대한 국세청의 질의에 '임상시험 용역은 과세 대상'이라는 유권해석을 내린 바 있다.
임상시험 용역은 면세 대상인 '환자에 대한 진료·치료 용역'보다는 의약품 안전성 검사 등을 목적으로 제약사에 공급하는 시험 용역으로 여러 선진국에서 과세하고 있는 점 등을 고려했다고 기재부의 한 관계자는 설명했다.
하지만 그동안 의료기관들이 임상시험 용역을 면세로 신고해왔고 과세관청도 과세한 전례가 없는 점을 감안해 유권해석일 이후부터 과세하도록 한 것이라고 덧붙였다.
기재부 관계자는 "의료기관은 제약사로부터 부가가치세가 포함된 대금을 받아 납부하고 제약사는 의료기관에 지급한 부가가치세를 매입세액으로 공제 받게 돼 의료기관이나 제약사의 세 부담이 증가하는 것은 아니다"라며 "아직 전례가 없어 증가하는 세수에 대한 추정은 하지 못한 상황"이라고 말했다.
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