발빠르게 준비를 끝낸 일부 기업들과 달리 상당수 중소기업들은 한-EU FTA에 대해 무방비 상태다. 관세청에 따르면 EU 수출 건별 금액 6,000유로 이상인 기업 4,333개 중 인증수출자 지정을 받은 기업은 전체의 34%에 불과했다. 국내 세관에서 인증수출자로 지정돼야만 한-EU FTA에 따른 관세 감면 혜택을 누릴 수 있음에도 불구하고 3분의 2가 넘는 수출 기업들은 아직 준비가 되지 않은 것이다. 또한 관세혜택을 받기 위해서는 국산이나 유럽산 이외의 원재료나 부품 사용 비율을 조정해야하지만 관리가 쉽지 않다는 점도 문제점으로 지적되고 있다. 한 섬유업체 관계자는 "단순히 수출하는 기업뿐 아니라 하청을 주는 벤더들 마다 원산지가 투명하게 관리돼야 관세면제 혜택을 누릴 수 있지만 이 기준을 맞추는 중소기업은 많지 않다"며 "또한 일부 역외산 부품을 국내 또는 유럽산으로 교체하는 과정에서 비용 상승이 일어나는 경우가 많아 관세인하분 만큼 가격 경쟁력을 확보하기도 어렵다"고 밝혔다.
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