중앙회에 따르면 현재 음식점의 경우 6/106 또는 8/108의 공제율을 적용받는 반면, 비슷한 음식을 취급하는 도시락 납품업체와 떡방앗간 등은 제조업으로 분류돼 이보다 낮은 2/102의 공제율을 부여받고 있다. 이와 관련 중앙회는 “현행 음식점업 외의 사업자라도 동일한 면세물품을 가공해 제조하는 사업자는 조세형평에 맞게 동일한 공제율을 적용해야 한다”며 현행 의제매입세액공제율을 6/106 이상으로 상향조정할 것을 요구했다.
특히 지난 2010년 기준으로 5인 미만 식품제조 업체수는 1만2,478개로 전체의 62.5%를 차지하고, 매출액 1억원 미만 업체는 전체의 57.2%로 영세업체가 절대 다수인 만큼 이들을 위한 공제율 조정이 절실하다고 주장했다.
의제매입세액공제는 쌀과 채소, 육류 등 가공되지 않은 면세품으로 음식을 만들어 팔 때 부과되는 부가가치세 일부를 공제해주는 것이다. 이는 유통과정의 중간단계에서 면세물품을 공급하는 경우 중복과세를 배제하기 위해 도입됐다. 그러나 업종별 공제율을 차등 규정해 그간 제도 개선에 대한 중소기업계의 건의가 이어져왔다.
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