그동안 가맹점주들에게 마케팅 자료로 활용하기 위해 매출자료 전산시스템(POS) 사용을 요구했던 가맹본부 측은 더 이상 이를 강요할 수 없어 가맹점 관리에 애를 먹을 것으로 전망된다. 프랜차이즈산업협회 관계자는 "본부가 가맹점주들을 상대로 직원 통제 기능 등의 순기능을 앞세워 POS 사용을 강제하듯 권유했지만 앞으로는 그럴 수 없게 됐다"며 "과세 추징금 사태로 본부에 대한 신뢰가 떨어진 만큼 본사가 점주들을 상대로 소통과 신뢰를 얻기 위한 감성 마케팅을 펼쳐야 한다"고 말했다. 더욱이 프랜차이즈 기업들은 과세 강화에 대해 "기본적으로 가맹점주와 국세청 간의 문제로 본사는 무관하다"는 입장이다. 가맹점주 입장을 옹호하면 탈세를 정당화하려는 시도로 비쳐질 수 있으며 그렇다고 국세청에 동조하면 가맹점주들이 등을 돌릴 수 있다는 게 프랜차이즈 기업들의 고민거리다. 한 프랜차이즈 기업 관계자는 "세금을 의도적으로 탈루했다면 해당 가맹점주의 잘못이고 그렇지 않다면 국세청에 소명하면 된다"며 "가맹점의 소명 작업에 필요한 자료들을 제공하는 것 외에는 본사가 해줄 수 있는 게 없다"고 말했다.
업계 일각에서는 국세청의 가맹점 매출자료 활용에 대한 우려도 나오고 있다. 한 업계 관계자는 "국세청이 가맹점 매출자료 제출을 요청하면 거부할 수 있는 기업이 과연 있겠냐"며 "가맹점 매출자료가 과세를 위해 사용되는 것은 바람직하지 않다"고 주장했다. 국세청이 가맹점 매출자료 사용 대신 세무사들이 가맹점에 대한 자문역할을 충실히 하도록 해야 한다는 의견도 있다. .
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