비상장 주식은 매일 시가가 형성되는 상장 주식과 달리 거래량이 많지 않아 시가를 산정하기가 쉽지 않다. 일반적으로 비상장 중소기업은 규모가 작다는 이유로 주식을 액면 가액에 양수·도 신고하는 사례가 많다. 이 경우 과세 관청이 저가 양수·도 거래에 대한 해명을 요구할 가능성이 크며 양수인에게는 증여세, 양도인에게는 양도소득세가 추가 과세될 수 있다. 특히 매년 순이익이 발생해 이익잉여금이 높은 기업이라면 유념해야 한다.
비상장기업은 객관적인 교환가치가 적정하게 반영된 매매 사례 가액이 있으면 그 거래 가액을 당해 주식의 시가로 평가한다. 비상장 주식이 평가 기간 동안 단 1주만 거래됐을 경우라도 그 가격을 매매 사례 가액으로 볼 수 있을까. 매매 사례 가액을 시가로 보기 위한 두 가지 요건이 있다. 첫째, 특수관계인이 아닌 제3자 간 거래여야 한다. 둘째, 거래된 비상장 주식의 액면 가액 합계액이 3억 원 이상 또는 총발행주식 수의 1% 이상이어야 한다. 즉 일정 요건을 충족한 거래만 매매 사례 가액으로 인정된다.
매매 사례 가액이 없는 등 시가 산정이 곤란할 경우에는 보충적 평가 방법을 따른다. 보충적 평가 방법은 1주당 순손익가치와 순자산가치를 3 대 2의 비율로 가중평균 계산한 가액으로 하되 토지·건물 등 부동산 보유 비율이 자산 총액의 50%를 넘는 부동산 과다 보유 법인은 순손익가치와 순자산가치를 2 대 3의 비율로 가중평균해 계산한 가액으로 한다. 그 가액이 순자산가치의 80%보다 낮다면 순자산가치의 80%에 해당하는 가액을 적용한다. 순손익가치와 순자산가치를 가중평균 계산했을 때 부동산 임대 법인 또는 과다 보유 법인처럼 순이익이 낮은 비상장기업의 주식은 과소평가될 수 있는 점을 고려한 것이다.
주식의 시가보다 대가(거래가)가 현저하게 낮다면 양도인에게는 부당 행위 계산 부인에 따른 양도소득세, 양수인에게는 증여세가 추가 과세될 수 있다. 거래 당사자가 비(非)특수관계자라면 시가에서 대가를 뺀 금액이 시가의 30% 이상일 경우 해당 차액에서 3억 원을 초과하는 액수를 증여재산 가액으로 본다. 거래 당사자가 특수관계자라면 시가에서 대가를 뺀 금액이 기준 금액(시가의 30%와 3억 원 중 더 낮은 금액) 이상일 경우 해당 차액에서 기준 금액을 초과하는 액수를 증여재산 가액으로 본다. 양도인의 경우 특수관계인과의 거래이면서 시가와 대가의 차이가 3억 원 이상이거나 시가의 5% 이상이면 저가 양도에 따른 부당 행위 계산 부인 규정이 적용돼 양도소득세 계산 시 양도 가액은 대가가 아닌 시가가 적용된다.
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