현재 APU는 주로 승객들이 활주로 상에서 대기 중일 때 제트기에 전력을 공급한다. 그러나 연료 전지 APU는 비행 중에도 사용할 수 있다. 음식을 데우는 일에서부터 조종석에서 사용하는 컴퓨터에 전력을 공급하는 일(전력을 얻기 위해 엔진의 동력을 전환시킬 필요가 없다)에 이르기까지 모든 일에 쓸 수 있는 것이다. 이로 인해 전반적인 연료 효율성이 향상됨은 물론이다.
그러나 높은 고도에서 연료 전지를 작동시키는 일은 만만치 않다. 보잉사의 엔지니어 마이클 프렌드는 높은 고도 위에서 연료전지의 사용을 시험하고 있다. 대기가 희박한 고도 3만5,000∼5만 피트의 고도에서 산소를 일정하게 공급하려면 압축기가 필요하다. 이 압축기는 또 연료 전지가 보다 효율적으로 작동하도록 높은 내부 압력을 유지하게 된다. 보잉사는 오는 2004년 첫 시험 항공기를 띄운다는 계획이다.
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